Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego jest organem niezespolonej administracji rządowej podlegającym ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych oraz organem Krajowej Administracji Skarbowej.

Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego powołuje Szef Krajowej Administracji Skarbowej na wniosek Dyrektora Izby Administracji Skarbowej.

Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego odpowiada przez Dyrektorem Izby Administracji Skarbowej za prawidłową i terminową realizację zadań, które wykonuje przy pomocy Urzędu Celno-Skarbowego.

Zakres działania, terytorialny zasięg i organizację Urzędu Celno-Skarbowego określają w szczególności:

1. ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej 

2. ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. - Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej

3. ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych 

4. zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017 r. w sprawie organizacji jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz nadania im statutów 

5. rozporządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 24 lutego 2017 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib dyrektorów izb administracji skarbowej, naczelników urzędów skarbowych i naczelników urzędów celno-skarbowych oraz siedziby dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej

6. zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017r. w sprawie utworzenia delegatur jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz terytorialnego zasięgu ich działania i siedzib 

7. przepisy odrębne;

8. regulamin organizacyjny.