Dyrektorzy izb celnych wykonują zadania przy pomocy podległych im izb celnych. Zgodnie z art. 19 ust. 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o Służbie Celnej (t.j. Dz. U. z 2015, poz. 990 ze zm.), do zadań dyrektora izby celnej należy:
- sprawowanie nadzoru nad działalnością naczelników urzędów celnych;
- rozstrzyganie w II instancji w sprawach należących w I instancji do naczelników urzędów celnych;
- rozstrzyganie w I instancji w sprawach określonych w przepisach odrębnych;
- realizacja polityki kadrowej i szkoleniowej w izbach celnych i urzędach celnych;
- wykonywanie kontroli określonych w art. 30 ust. 2 i ust. 3 pkt 2-10;
- rozpoznawanie, wykrywanie, zapobieganie i zwalczanie przestępstw skarbowych i wykroczeń skarbowych i ściganie ich sprawców, w zakresie ustalonym w Kodeksie karnym skarbowym oraz rozpoznawanie, wykrywanie, zapobieganie i zwalczanie przestępstw i wykroczeń w zakresie określonym w art. 2 ust. 1 pkt 4 i 6 oraz ściganie ich sprawców w zakresie określonym w art. 2 ust. 1 pkt 6;
- współdziałanie z terenowymi organami Straży Granicznej, w szczególności koordynacja działań w zakresie sprawnego wykonywania zadań, o których mowa w art. 2 ust. 1 pkt 1 i art. 30 ust. 2 pkt 1;
- współdziałanie z terenowymi organami kontroli skarbowej;
- współdziałanie z organami władzy samorządowej i innymi organami władzy publicznej;
- wykonywanie innych zadań określonych w przepisach odrębnych;
- wykonywanie zadań wynikających z przepisów wspólnotowych regulujących statystykę dotyczącą obrotu towarowego pomiędzy państwami członkowskimi Wspólnoty Europejskiej (INTRASTAT) oraz obrotu towarowego państw członkowskich Wspólnoty Europejskiej z pozostałymi państwami (EXTRASTAT);
- dokonywanie poboru należności celnych, podatków, opłat i dopłat, o których mowa w art. 2 ust. 1 pkt 2;
- wykonywanie zadań, o których mowa w art. 2 pkt 8 oraz art. 8 rozporządzenia Rady (WE) nr 2173/2005 z dnia 20 grudnia 2005 r. w sprawie ustanowienia systemu zezwoleń na przywóz drewna do Wspólnoty Europejskiej FLEGT;
- wykonywanie zadań, o których mowa w art. 9 ust. 1 lit. a rozporządzenia Komisji (UE) nr 737/2010 z dnia 10 sierpnia 2010 r. ustanawiającego szczegółowe zasady wykonania rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (WE) nr 1007/2009 w sprawie handlu produktami z fok;
- wykonywanie zadań wierzyciela określonych w ustawie z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (Dz.U. z 2014 r. poz. 1619, z późn. zm.);
- prowadzenie postępowania egzekucyjnego należności pieniężnych zgodnie z przepisami o postępowaniu egzekucyjnym w administracji;
- przekazywanie do państwa członkowskiego Unii Europejskiej informacji, o której mowa w art. 64 ustawy z dnia 11 października 2013 r. o wzajemnej pomocy przy dochodzeniu podatków, należności celnych i innych należności pieniężnych (Dz.U. poz. 1289 oraz z 2015 r. poz. 211), oraz występowanie do państwa członkowskiego Unii Europejskiej lub państwa niebędącego członkiem Unii Europejskiej na podstawie tej ustawy z wnioskiem o:
a) udzielenie informacji,
b) powiadomienie,
c) odzyskanie należności pieniężnych
d) podjęcie środków zabezpieczających należności pieniężne.
Naczelnicy urzędów celnych wykonują zadania przy pomocy podległych im urzędów celnych. Zgodnie z art. 20 ust. 1 ustawy ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o Służbie Celnej (t.j. Dz. U. z 2015, poz. 990 ze zm.), do zadań naczelnika urzędu celnego należy:
- nadawanie towarom przeznaczenia celnego, dokonywanie wymiaru i poboru należności celnych i innych opłat związanych z przywozem i wywozem towarów oraz wykonywanie innych czynności przewidzianych przepisami prawa celnego;
- wymiar, pobór i kontrola podatku akcyzowego i opłaty paliwowej;
- wymiar, pobór i kontrola podatku od gier oraz dopłat, o których mowa w art. 2 ust. 1 pkt 2 lit. D; 3a. wymiar, pobór i kontrola podatku od wydobycia niektórych kopalin;
- dokonywanie wymiaru i poboru podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów;
- wykonywanie kontroli, o której mowa w art. 30 ust. 2 i ust. 3 pkt 1, 1a i 2 oraz pkt 7-10;
- rozpoznawanie, wykrywanie, zapobieganie i zwalczanie przestępstw skarbowych i wykroczeń skarbowych i ściganie ich sprawców, w zakresie ustalonym w Kodeksie karnym skarbowym oraz rozpoznawanie, wykrywanie, zapobieganie i zwalczanie przestępstw i wykroczeń w zakresie określonym w art. 2 ust. 1 pkt 4 i 6 oraz ściganie ich sprawców w zakresie określonym w art. 2 ust. 1 pkt 6;
- współdziałanie z organami władzy samorządowej i innymi organami władzy publicznej;
- wykonywanie innych zadań określonych w przepisach odrębnych.