Izba Celna w Warszawie powstała na mocy rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 19 kwietnia 2002 r. w sprawie utworzenia izb celnych i urzędów celnych oraz określenia ich siedzib. Posiadała 4 urzędy celne oraz 18 oddziałów celnych. W tym czasie, izba celna zwiększyła swoje kompetencje m.in. poprzez rozpatrywanie odwołań w II instancji. Wpłynęło to, na skrócenie czasu rozpatrywania spraw oraz obniżenie kosztów obrotu towarowego z zagranicą. Natomiast w powołanych urzędach celnych, do dzisiaj są wydawane decyzje oraz rozstrzygnięcia w I instancji.

Właściwość miejscowa Izby Celnej w Warszawie obejmuje obszar województwa mazowieckiego.

Kolejne duże zmiany organizacyjne w warszawskiej izbie celnej miały miejsce w 2003 roku. Związane były ze zniesieniem Izby Celnej Port Lotniczy w Warszawie. Właściwą miejscowo na obszarze całego województwa mazowieckiego została Izba Celna w Warszawie. W nowej strukturze Izby Celnej w Warszawie, funkcjonowało 8 urzędów celnych oraz 30 oddziałów celnych.

Po wstąpieniu Polski z dniem 1 maja 2004 r. w struktury Unii Europejskiej, zlikwidowano 2 urzędy celne oraz niektóre oddziały celne, stanowiące zewnętrzne jednostki organizacyjne. W nowej strukturze organizacyjnej Izby Celnej w Warszawie funkcjonowało 7 urzędów celnych, którym podlegały 23 oddziały celne. Jednocześnie powstał nowy Urząd Celny w Ciechanowie, obejmujący teren północnego Mazowsza.

Obecnie obowiązującym aktem prawnym w sprawie utworzenia izb celnych i urzędów celnych oraz określenia ich siedzib jest rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 23 października 2009 r., natomiast organizację izb celnych i urzędów celnych określa statut nadany przez Ministra Finansów w drodze zarządzenia (zarządzenie Nr 28 Ministra Finansów z dnia 28 czerwca 2013 r. w sprawie nadania statutów izbom celnym i urzędom celnym).

W wyniku zmian organizacyjnych, które objęły obszar województwa mazowieckiego w lipcu 2015 r., w strukturze Izby Celnej w Warszawie funkcjonowało 7 urzędów celnych oraz 15 oddziałów celnych, w tym 5 oddziałów celnych mających status przejścia granicznego.

Kolejne zmiany organizacyjne miały miejsce w październiku i listopadzie 2015 roku. Obecnie w strukturze Izby Celnej w Warszawie funkcjonują:

• Urząd Celny I w Warszawie wraz z 2 podległymi oddziałami celnymi: OC I Pocztowym i OC IV w Warszawie
• Urząd Celny II w Warszawie wraz z 2 podległymi oddziałami celnymi: OC V w Warszawie i OC VI w Warszawie,
• Urząd Celny III „Port Lotniczy" w Warszawie wraz z 3 podległymi oddziałami celnymi: OC Towarowym I w Warszawie, OC Osobowym w Warszawie i OC Port Lotniczy Warszawa-Modlin
• Urząd Celny w Radomiu wraz z 2 podległymi oddziałami celnymi: OC w Radomiu i OC w Grójcu
• Urząd Celny w Pruszkowie wraz z 2 podległymi oddziałami celnymi: OC I w Pruszkowie i OC w Płocku
• Urząd Celny w Siedlcach wraz z 2 podległymi oddziałami celnymi: OC w Siedlcach i OC w Garwolinie
• Urząd Celny w Ciechanowie wraz z 2 podległymi oddziałami celnymi: OC w Ciechanowie i OC w Ostrołęce.

Jednym z priorytetowych zadań, jakie spoczywają obecnie na warszawskiej izbie celnej, jest ochrona zewnętrznej granicy Unii Europejskiej, w szczególności zaś egzekwowanie ograniczeń i zakazów związanych z ochroną życia i zdrowia ludzi, ochroną zwierząt i roślin, przyrody i środowiska, dóbr kultury i zabytków oraz ochroną praw własności intelektualnej.

Oprócz zadań związanych z ochroną zewnętrznej granicy Unii Europejskiej, Izba Celna w Warszawie realizuje również politykę fiskalną państwa, czego wymiernym efektem są wysokie wpływy do budżetu państwa należności celnych i podatkowych.

W ramach zadań nałożonych na Służbę Celną, Dyrektor Izby Celnej w Warszawie realizuje także z upoważnienia Ministra Finansów szereg zadań o charakterze ogólnopolskim w zakresie:

• wydawania pozwoleń na korzystanie z procedury TIR,
• prowadzenia w I instancji postępowań w sprawach dotyczących wiążącej informacji taryfowej oraz wiążącej informacji o pochodzeniu towarów,
• wydawania decyzji w sprawie ochrony praw własności intelektualnej,
• prowadzenia listy agentów celnych oraz wydawania decyzji w sprawach wpisu osoby na listę agentów celnych, skreślenia osoby z listy agentów celnych i zawieszenia działalności agenta celnego,
• prowadzenia postępowania w sprawie stażu adaptacyjnego i testu umiejętności w toku postępowania w sprawie uznania kwalifikacji do wykonywania zawodu agenta celnego,
• szkolenia przewodników psów służbowych oraz psów dla potrzeb Służby Celnej – Ośrodek Szkoleniowy w Kamionie,
• gromadzenia, przetwarzania i udostępniania danych o handlu międzynarodowym pomiędzy Polską a krajami członkowskimi Unii Europejskiej oraz krajami trzecimi – Centrum Analityczne Administracji Celnej,
• utrzymania i administrowania modułem statystycznym handlu zagranicznego hurtowni danych ARI@DNA2,
• prowadzenia Centralnego Laboratorium Celnego oraz koordynacji i nadzoru nad funkcjonowaniem laboratoriów regionalnych,
• wydawania pozwoleń na wykorzystywanie, jako zgłoszenia tranzytowego manifestu lotniczego (procedura uproszczona poziom 1, o których mowa w art. 444 Rozporządzenia Wykonawczego,
• wydawania pozwoleń na wykorzystywanie, jako zgłoszenia tranzytowego, manifestu lotniczego przesyłanego z wykorzystaniem elektronicznego systemu wymiany danych (procedura uproszczona - poziom 2) oraz prowadzenia procedury konsultacyjnej, o których mowa w art. 445 Rozporządzenia Wykonawczego,
• prowadzenia postępowań w II instancji i w trybach nadzwyczajnych w sprawach dotyczących wiążącej informacji akcyzowej.

Dyrektorzy pełniący funkcję/obowiązki Dyrektora Izby Celnej w Warszawie (Urzędu Celnego w Warszawie) od 1987 roku:

• 1987 - 1990 Waldemar Małecki
• 1990 - 1991 Andrzej Gołoś
• 1991 - 1996 Andrzej Olenderek
• 1996 - 2001 Józef Gębaczka
• 2001 - 2002 Bogdan Michajluk
• 2002 - 2008 Sławomir Pichor
• 2009 - 2012 Janusz Sawa
• 2012 - 2015 Andrzej Chodubski
• od grudnia 2015 – Maria Rutka

O historii celnictwa na Mazowszu, można przeczytać w załączonym poniżej pliku pt. Celnicy na Mazowszu – historia.